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Erschienen in: Arthritis Research & Therapy 1/2011

01.02.2011 | Commentary

Promise and pitfalls of the Immunochip

verfasst von: Adrian Cortes, Matthew A Brown

Erschienen in: Arthritis Research & Therapy | Ausgabe 1/2011

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Abstract

Genomewide association studies (GWAS) have proven a powerful hypothesis-free method to identify common disease-associated variants. Even quite large GWAS, however, have only at best identified moderate proportions of the genetic variants contributing to disease heritability. To provide cost-effective genotyping of common and rare variants to map the remaining heritability and to fine-map established loci, the Immunochip Consortium has developed a 200,000 SNP chip that has been produced in very large numbers for a fraction of the cost of GWAS chips. This chip provides a powerful tool for immunogenetics gene mapping.
Literatur
1.
Zurück zum Zitat Manolio TA, Collins FS, Cox NJ, Goldstein DB, Hindorff LA, Hunter DJ, McCarthy MI, Ramos EM, Cardon LR, Chakravarti A, Cho JH, Guttmacher AE, Kong A, Kruglyak L, Mardis E, Rotimi CN, Slatkin M, Valle D, Whittemore AS, Boehnke M, Clark AG, Eichler EE, Gibson G, Haines JL, Mackay TF, McCarroll SA, Visscher PM: Finding the missing heritability of complex diseases. Nature. 2009, 461: 747-753. 10.1038/nature08494.PubMedCentralCrossRefPubMed Manolio TA, Collins FS, Cox NJ, Goldstein DB, Hindorff LA, Hunter DJ, McCarthy MI, Ramos EM, Cardon LR, Chakravarti A, Cho JH, Guttmacher AE, Kong A, Kruglyak L, Mardis E, Rotimi CN, Slatkin M, Valle D, Whittemore AS, Boehnke M, Clark AG, Eichler EE, Gibson G, Haines JL, Mackay TF, McCarroll SA, Visscher PM: Finding the missing heritability of complex diseases. Nature. 2009, 461: 747-753. 10.1038/nature08494.PubMedCentralCrossRefPubMed
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Zurück zum Zitat Craddock N, Hurles ME, Cardin N, Pearson RD, Plagnol V, Robson S, Vukcevic D, Barnes C, Conrad DF, Giannoulatou E, Holmes C, Marchini JL, Stirrups K, Tobin MD, Wain LV, Yau C, Aerts J, Ahmad T, Andrews TD, Arbury H, Attwood A, Auton A, Ball SG, Balmforth AJ, Barrett JC, Barroso I, Barton A, Bennett AJ, Bhaskar S, Blaszczyk K, et al: Genome-wide association study of CNVs in 16,000 cases of eight common diseases and 3,000 shared controls. Nature. 2010, 464: 713-720. 10.1038/nature08979.CrossRefPubMed Craddock N, Hurles ME, Cardin N, Pearson RD, Plagnol V, Robson S, Vukcevic D, Barnes C, Conrad DF, Giannoulatou E, Holmes C, Marchini JL, Stirrups K, Tobin MD, Wain LV, Yau C, Aerts J, Ahmad T, Andrews TD, Arbury H, Attwood A, Auton A, Ball SG, Balmforth AJ, Barrett JC, Barroso I, Barton A, Bennett AJ, Bhaskar S, Blaszczyk K, et al: Genome-wide association study of CNVs in 16,000 cases of eight common diseases and 3,000 shared controls. Nature. 2010, 464: 713-720. 10.1038/nature08979.CrossRefPubMed
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Zurück zum Zitat Kaminsky ZA, Tang T, Wang SC, Ptak C, Oh GH, Wong AH, Feldcamp LA, Virtanen C, Halfvarson J, Tysk C, McRae AF, Visscher PM, Montgomery GW, Gottesman II, Martin NG, Petronis A: DNA methylation profiles in monozygotic and dizygotic twins. Nat Genet. 2009, 41: 240-245. 10.1038/ng.286.CrossRefPubMed Kaminsky ZA, Tang T, Wang SC, Ptak C, Oh GH, Wong AH, Feldcamp LA, Virtanen C, Halfvarson J, Tysk C, McRae AF, Visscher PM, Montgomery GW, Gottesman II, Martin NG, Petronis A: DNA methylation profiles in monozygotic and dizygotic twins. Nat Genet. 2009, 41: 240-245. 10.1038/ng.286.CrossRefPubMed
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Zurück zum Zitat Lango Allen H, Estrada K, Lettre G, Berndt SI, Weedon MN, Rivadeneira F, Willer CJ, Jackson AU, Vedantam S, Raychaudhuri S, Ferreira T, Wood AR, Weyant RJ, Segre AV, Speliotes EK, Wheeler E, Soranzo N, Park JH, Yang J, Gudbjartsson D, Heard-Costa NL, Randall JC, Qi L, Vernon Smith A, Magi R, Pastinen T, Liang L, Heid IM, Luan J, et al: Hundreds of variants clustered in genomic loci and biological pathways affect human height. Nature. 2010, 467: 832-838. 10.1038/nature09410.PubMedCentralCrossRefPubMed Lango Allen H, Estrada K, Lettre G, Berndt SI, Weedon MN, Rivadeneira F, Willer CJ, Jackson AU, Vedantam S, Raychaudhuri S, Ferreira T, Wood AR, Weyant RJ, Segre AV, Speliotes EK, Wheeler E, Soranzo N, Park JH, Yang J, Gudbjartsson D, Heard-Costa NL, Randall JC, Qi L, Vernon Smith A, Magi R, Pastinen T, Liang L, Heid IM, Luan J, et al: Hundreds of variants clustered in genomic loci and biological pathways affect human height. Nature. 2010, 467: 832-838. 10.1038/nature09410.PubMedCentralCrossRefPubMed
7.
Zurück zum Zitat Keating BJ, Tischfield S, Murray SS, Bhangale T, Price TS, Glessner JT, Galver L, Barrett JC, Grant SF, Farlow DN, Chandrupatla HR, Hansen M, Ajmal S, Papanicolaou GJ, Guo Y, Li M, Derohannessian S, de Bakker PI, Bailey SD, Montpetit A, Edmondson AC, Taylor K, Gai X, Wang SS, Fornage M, Shaikh T, Groop L, Boehnke M, Hall AS, Hattersley AT, et al: Concept, design and implementation of a cardiovascular gene-centric 50 k SNP array for large-scale genomic association studies. PLoS One. 2008, 3: e3583-10.1371/journal.pone.0003583.PubMedCentralCrossRefPubMed Keating BJ, Tischfield S, Murray SS, Bhangale T, Price TS, Glessner JT, Galver L, Barrett JC, Grant SF, Farlow DN, Chandrupatla HR, Hansen M, Ajmal S, Papanicolaou GJ, Guo Y, Li M, Derohannessian S, de Bakker PI, Bailey SD, Montpetit A, Edmondson AC, Taylor K, Gai X, Wang SS, Fornage M, Shaikh T, Groop L, Boehnke M, Hall AS, Hattersley AT, et al: Concept, design and implementation of a cardiovascular gene-centric 50 k SNP array for large-scale genomic association studies. PLoS One. 2008, 3: e3583-10.1371/journal.pone.0003583.PubMedCentralCrossRefPubMed
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Zurück zum Zitat Leslie S, Donnelly P, McVean G: A statistical method for predicting classical HLA alleles from SNP data. Am J Hum Genet. 2008, 82: 48-56. 10.1016/j.ajhg.2007.09.001.PubMedCentralCrossRefPubMed Leslie S, Donnelly P, McVean G: A statistical method for predicting classical HLA alleles from SNP data. Am J Hum Genet. 2008, 82: 48-56. 10.1016/j.ajhg.2007.09.001.PubMedCentralCrossRefPubMed
Metadaten
Titel
Promise and pitfalls of the Immunochip
verfasst von
Adrian Cortes
Matthew A Brown
Publikationsdatum
01.02.2011
Verlag
BioMed Central
Erschienen in
Arthritis Research & Therapy / Ausgabe 1/2011
Elektronische ISSN: 1478-6362
DOI
https://doi.org/10.1186/ar3204

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